第２４話(最終話)
約束の地
脚本：板野一郎 ／ 絵コンテ：板野一郎
演出：吉沢俊一 ／ 作画監督：越智博之・恩田尚之
デモニアックたち、そしてザーキンや自分自身にも終末を迎えさせるナノマシン「イシス」を体内に注入し、ジョセフはザーキンと最期の戦いを続ける。一方サーシャとメイフォンはドイツを焼き尽くすために放たれた、新世代ＩＣＢＭを迎撃するため、地上と空中で決死の覚悟で奮闘していた。しかし最新システムで迎撃をかわすＩＣＢＭは刻々とドイツ上空に達しようとしていた。
第２３話
劫火の大地
脚本：虚淵玄 ／ 絵コンテ：佐野隆史
演出：佐野隆史 ／ 作画監督：土屋圭
ツヴェルフの壊滅という状況に、全世界へのデモニアック事件の拡大を恐れた他国政府はドイツへの攻撃を決断、爆撃機からの攻撃を開始する。独自の警戒システムによってその事態を知ったメイフォンたちは、アポカリプスナイツの能力でミサイルの迎撃を試みる。その頃、「イシス」完成までの時間を稼ぐため、ザーギンの前に立ちはだかる一人の男がいた。
第２２話
届かぬ想い
脚本：虚淵玄 ／ 絵コンテ：友田政晴
演出：友田政晴 ／ 作画監督：渡辺純子
ツヴェルフを脱出し、叔母が運営する孤児院に保護されたアマンダの下へサーシャが訪れる。サーシャは、ザーギンに対抗する最後の切り札、「イシス」の設計データをアマンダに預かって欲しいと伝える。しかし「イシス」の存在を知ったベアトリスが孤児院へと迫っていた。アマンダたちを守るため、ベアトリスに挑むヘルマン。ゆずれない戦いの幕が切って落とされた。
第２１話
蒼白の騎手
脚本：小林靖子 ／ 絵コンテ：藤森カズマ
演出：水森葉月・信田ユウ ／ 作画監督：結城信輝
デモニアックたちの攻撃で大混乱するツヴェルフ。そんな中、サーシャは侵入したザーギンと対峙する。ザーギンを浄化するために、自分は生き返ったのだと告げるサーシャに対して、世界を終わらせることこそが浄化だと応えるザーギン。一方アマンダ達はマレクを見つけだそうと必死になっていた。そこである人物からのメッセージをアマンダ達は見つける。
第２０話
黄泉の軍勢
脚本：小林靖子 ／ 絵コンテ：西本由紀夫 ／ 演出：小林孝志
作画監督：小林利充
スノウの声を聞き正気を取り戻したジョセフは、ツヴェルフによって回収され、再び強化措置の調整を受ける。しかしそのツヴェルフ本部に対して、デモニアックの大集団が襲いかかろうとしていた。それはデモニアックを強制的に従える力を得たジョセフの覚醒を確かめるため、ザーキン自らが率いたものだった。一方、ツヴェルフ本部からマレクを取り戻したいアマンダは、ヘルマンを捕らえたように偽装して、本部に入ることに成功する。
第１９話
過去からの想い
脚本：太田愛 ／ 絵コンテ：佐野隆史 ／ 演出：祝浩司
作画監督：海老原雅夫
ジョセフによるデモニアック殺戮が続く中、逃げだしたウォルフとそれを追撃するヘルマンを追ったアマンダは、その途上で一人の少女と出会う。少女の名はスノウ、誤ってジョセフの血によって融合体となってしまい、その後はジョセフと旅を共にしていた、数少ないジョセフの理解者の一人だった。スノウからヘルマンたちの行き先を聞いたアマンダは、暴走するジョセフをスノウに託しウォルフが逃げ込んだＸＡＴ本部へと向かう。
第１８話
第四の黙示
脚本：太田愛 ／ 絵コンテ：藤森カズマ ／ 演出：友田政晴
作画監督：越智博之
事態の収拾に焦ったヴィクターは、強化措置を終えたばかりのジョセフを出撃させる。その頃、仲間の敵討ちを誓ったアマンダとヘルマンは、ウォルフに率いられたデモニアック軍団と対峙していた。襲いかかる無数のデモニアックたちにより苦戦するアマンダたち。そこへ強化措置により凶暴化モードへと変身したジョセフが登場、デモニアックたちを次々と虐殺していく。絶望と恐怖と怒りの幻覚の中、ジョセフの殺戮が続くが…!?
第１７話
獣の咆哮
脚本：虚淵玄 ／ 絵コンテ：佐野隆史 ／ 演出：吉沢俊一
作画監督：土屋圭
融合体へ変身しツヴェルフ本部を破壊したヘルマンは、最新メカ「トリプル・シックス」に乗り逃走。それをパラディンに搭乗したアマンダが追跡する。幻覚と感情の暴走に苛まれるヘルマンは、アマンダを拒絶してしまう。だが、それでもアマンダはあきらめなかった。そこには、もう仲間を失いたくないという思いが込められていた。一方、ウォルフとデモニアックに乗っ取られた空軍基地に対して、サーシャたちアポカリプスナイツの攻撃が開始される。
第１６話
再会
脚本：虚淵玄 ／ 絵コンテ：佐野隆史 ／ 演出：長岡義孝
作画監督：渡辺純子
全ての元凶でありながら、未だツヴェルフに協力するサーシャに疑問を投げかけるアマンダ。しかし、ジョセフとザーキンの苦しみを終わらせるためと語るサーシャは、ザーキンを自らの手で倒す覚悟を固めていた。
一方、ツヴェルフ本部を目指す聖職者の格好をした男の姿があった。自分がなぜ今でも生きているのか、記憶が欠落しているせいで何も分からぬ彼は、心に秘めた思い果たす為、巨城に向かってひとり黙々と歩き続けるのだった。